Nel 1785, il Granduca Pietro Leopoldo di Lorena, fondò il "Conservatorio di Sant'Anna", nel Convento di Sant'Anna, ex Monastero benedettino.

Molti decenni dopo, a Pisa, nel 1931, fu costituito il  "Collegio Mussolini per le Scienze Corporative" e, successivamente, nel 1932, il "Collegio Nazionale Medico", successivamente riuniti nel "Collegio Medico-Giuridico" inizialmente annessi alla Scuola Normale Superiore.

Quest’ultimo, nel marzo 1967, assieme al "Collegio Antonio Pacinotti", cui afferivano le Facoltà di Economia, Ingegneria, ed Agraria, istituito nel 1951, costituì la "Scuola Superiore di Studi Universitari e di Perfezionamento", ordinata nelle discipline di "Scienze Sociali" e di "Scienze Applicate e Sperimentali",

Nella seconda metà degli anni “Settanta”, la Scuole prese residenza nell'ex Convento di Sant'Anna, finché, nel 1987, le Suore del Conservatorio, in fase di estinzione, disposero di cedere la struttura con la sola condizione che mantenesse la titolazione di “Sant’Anna”.

Nacque, in tal modo, la "Scuola Superiore di Studi Universitari e Perfezionamento Sant'Anna", Ente universitario provvisto di autonoma personalità giuridica, amministrativa e disciplinare, sul modello della concittadina “Scuola Normale”.

Ordinata in Istituti, pianifica  Corsi di Perfezionamento e Dottorati di Ricerca finalizzati a Lauree Magistrali ei Master universitari di primo e secondo livello. La Scuola ha ottenuto il primo posto complessivo nella categoria delle piccole Università

Gli Istituti che la compongono sono:

·         BioRobotica: con attività di ricerca nel settore della Biorobotica

·         DIRPOLIS: Acronimo di Diritto, Politica, Sviluppo

·         Economia: per attività di ricerca e formazione nel campo delle Scienze Economiche.

·         Management

·         Scienze della Vita: Scienze Mediche,  Agrarie e Biotecnologie.

·         TeCIP: Tecnologie della Comunicazione, dell'Informazione e della Percezione